נתרן קרבונט הוא אכיל, אך יש לנקוט באמצעי הזהירות הבאים:
יש לשלוט בצריכה: כמויות קטנות אינן מזיקות, אך כמויות מוגזמות עלולות לגרום להפרעות עיכול ולתסמינים אחרים.
משמש בעיקר בפסטה: נתרן קרבונט יכול להסיר את הטעם החמצמץ של הבצק ולהגביר את הצמיגות והאלסטיות של הקמח.
צריכה מופרזת עלולה לגרום לבעיות שונות: יותר מדי נתרן פחמתי עלול לגרום למזון להצהיב, לגרום לנפיחות, יובש בפה ולשיבוש איזון מיץ הקיבה, להגביר את העומס על מערכת העיכול.
חומר אלקליני: נתרן קרבונט הוא חומר אלקליין; מגע-לטווח ארוך עלול לגרום לבעיות עור.

